LICENSE
README.md
pyproject.toml
setup.py
src/aligndg/__init__.py
src/aligndg.egg-info/PKG-INFO
src/aligndg.egg-info/SOURCES.txt
src/aligndg.egg-info/dependency_links.txt
src/aligndg.egg-info/not-zip-safe
src/aligndg.egg-info/requires.txt
src/aligndg.egg-info/top_level.txt
src/aligndg/graph/AlignDG.py
src/aligndg/graph/__init__.py
src/aligndg/graph/layer.py
src/aligndg/graph/model.py
src/aligndg/uopt/__init__.py
src/aligndg/uopt/_constants.py
src/aligndg/uopt/_logging.py
src/aligndg/uopt/_registry.py
src/aligndg/uopt/_types.py
src/aligndg/uopt/datasets.py
src/aligndg/uopt/backends/__init__.py
src/aligndg/uopt/backends/utils.py
src/aligndg/uopt/backends/ott/__init__.py
src/aligndg/uopt/backends/ott/_utils.py
src/aligndg/uopt/backends/ott/output.py
src/aligndg/uopt/backends/ott/solver.py
src/aligndg/uopt/base/__init__.py
src/aligndg/uopt/base/cost.py
src/aligndg/uopt/base/output.py
src/aligndg/uopt/base/solver.py
src/aligndg/uopt/base/problems/__init__.py
src/aligndg/uopt/base/problems/_mixins.py
src/aligndg/uopt/base/problems/_utils.py
src/aligndg/uopt/base/problems/birth_death.py
src/aligndg/uopt/base/problems/compound_problem.py
src/aligndg/uopt/base/problems/manager.py
src/aligndg/uopt/base/problems/problem.py
src/aligndg/uopt/costs/__init__.py
src/aligndg/uopt/costs/_costs.py
src/aligndg/uopt/costs/_utils.py
src/aligndg/uopt/plotting/__init__.py
src/aligndg/uopt/plotting/_plotting.py
src/aligndg/uopt/plotting/_utils.py
src/aligndg/uopt/problems/__init__.py
src/aligndg/uopt/problems/_utils.py
src/aligndg/uopt/problems/space/__init__.py
src/aligndg/uopt/problems/space/_alignment.py
src/aligndg/uopt/problems/space/_mapping.py
src/aligndg/uopt/problems/space/_mixins.py
src/aligndg/uopt/utils/__init__.py
src/aligndg/uopt/utils/data.py
src/aligndg/uopt/utils/subset_policy.py
src/aligndg/uopt/utils/tagged_array.py
src/aligndg/utils/color.py
src/aligndg/utils/graph_construction.py
src/aligndg/utils/icp.py
src/aligndg/utils/metrics.py
src/aligndg/utils/model.py
src/aligndg/utils/multi_dataset.py
src/aligndg/utils/prematch.py
src/aligndg/utils/seed.py
src/aligndg/utils/visualize.py