HLADB-2.6.0-Jul 2004
HLA-DQA1 Protein Sequence Alignments
Sequences Aligned: 09 Jul 2004
Steven G. E. Marsh, Anthony Nolan Research Institute.


Prot. Pos.      -30        -20        -10        
                             |          |
DQA1*010101              MIL NKALLLGALA LTTVMSPCGG 
DQA1*010102              --- ---------- ---------- 
DQA1*010201              --- ---------- ---------- 
DQA1*010202              --- ---------- ---------- 
DQA1*0103                --- ---------- ---------- 
DQA1*010401              --- ---------- ---M------ 
DQA1*010402              --- ---------- ---M------ 
DQA1*0105                --- ---------- ---M------ 
DQA1*0106                *** ********** ********** 
DQA1*0107                *** ********** ********** 
DQA1*0201                --- ----M----- ---------- 
DQA1*030101              --- ----M----- ---------- 
DQA1*0302                --- ----M----- ----T----- 
DQA1*0303                --- ----M----- ---------- 
DQA1*040101              --- ---------- ---------- 
DQA1*040102              *** ********** ********** 
DQA1*0402                *** ********** ********** 
DQA1*0403N               *** ********** ********** 
DQA1*0404                *** ********** ********** 
DQA1*050101              --- ----M----- ---------- 
DQA1*050102              *** ********** ********** 
DQA1*0502                *** ********** ********** 
DQA1*0503                --- ----M----- ---------- 
DQA1*0504                *** ********** ********** 
DQA1*0505                --- ----M--T-- ---------- 
DQA1*060101              --- ---------- ---------- 
DQA1*060102              *** ********** ********** 
DQA1*0602                *** ********** ********** 

Prot. Pos.                10         20         30         40         50         60         70         80         90        100 
                           |          |          |          |          |          |          |          |          |          | 
DQA1*010101       EDIVADHVAS CGVNLYQFYG PSGQYTHEFD GDEEFYVDLE RKETAWRWPE FSKFGGFDPQ GALRNMAVAK HNLNIMIKRY NSTAATNEVP EVTVFSKSPV 
DQA1*010102       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010201       ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010202       ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*0103         ---------- ---------- ----F----- ---Q------ K--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010401       -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010402       -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*0105         -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*0106         *****----- ---------- ---------- ---Q------ ---A------ ---------- ---------- ---------- -------*** ********** 
DQA1*0107         *****----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------C- ---------- ---------- 
DQA1*0201         ---------- Y------S-- ----F----- ---------- ----V-KL-L -HRLR.---- F--T-I--L- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*030101       ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- -----V---S ---------- ---------- 
DQA1*0302         ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- -----V---S ---------- ---------- 
DQA1*0303         ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- -----V---S ---------- ---------- 
DQA1*040101       ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*040102       *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*0402         *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*0403N        *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRX     
DQA1*0404         *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*050101       ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- ----SL---S ---------- ---------- 
DQA1*050102       ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- ----SL---S -------*** ********** 
DQA1*0502         ********** *------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.--R- F--T-I--L- ----SL---S ------**** ********** 
DQA1*0503         ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- ----SL---S ---------- ---------- 
DQA1*0504         *****----- Y------S-- L--------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- ----SL---S -------*** ********** 
DQA1*0505         ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- ----SL---S ---------- ---------- 
DQA1*060101       ---------- Y------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 
DQA1*060102       ********** *------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S -------*** ********** 
DQA1*0602         *****----- Y------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- -----L---S ---------- ---------- 

Prot. Pos.               110        120        130        140        150        160        170        180        190        200 
                           |          |          |          |          |          |          |          |          | 
DQA1*010101       TLGQPNTLIC LVDNIFPPVV NITWLSNGQS VTEGVSETSF LSKSDHSFFK ISYLTFLPSA DEIYDCKVEH WGLDQPLLKH WEPEIPAPMS ELTETVVCAL 
DQA1*010102       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010201       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010202       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*0103         ---------- ---------- --------HA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*010401       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------T- 
DQA1*010402       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -********* ********** 
DQA1*0105         ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQA1*0106         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQA1*0107         ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -********* ********** 
DQA1*0201         ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- ----E----- ---------- ---------- 
DQA1*030101       ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- ----E----- ------T--- ---------- 
DQA1*0302         ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------D ---------- ----E----- ------T--- ---------- 
DQA1*0303         ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------D ---------- ----E----- ------T--- ---------- 
DQA1*040101       ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- ----E----- ---------- ---------- 
DQA1*040102       ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- ----E----- -********* ********** 
DQA1*0402         ---------- ---------- --------H- -------I-- ---------- ---------- ---------- ----E----- -********* ********** 
DQA1*0403N                  
DQA1*0404         ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- --H------- ---------- ----E----- -********* ********** 
DQA1*050101       ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- ----K----- ---------- ---------- 
DQA1*050102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQA1*0502         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQA1*0503         ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---S E-S------- ----K----- ---------- ---------- 
DQA1*0504         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQA1*0505         ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- ----K----- ---------- ---------- 
DQA1*060101       ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- ----E----- ---------- ---------- 
DQA1*060102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQA1*0602         ---------- ---------- --------H- --------R- ---------- ---------- ---------- ----E----- -********* ********** 

Prot. Pos.               210        220        230        
                           |          |          |   
DQA1*010101       GLSVGLVGIV VGTVFIIQGL RSVGASRHQG PL       
DQA1*010102       ---------- ---------- ---------- --       
DQA1*010201       ------M--- ---------- ---------- --       
DQA1*010202       ------M--- ---------- ---------- --       
DQA1*0103         ---------- ---------- ---------- --       
DQA1*010401       ---------- ---------- ---------- --       
DQA1*010402       ********** ********** ********** **       
DQA1*0105         ---------- ---------- -------*** **       
DQA1*0106         ********** ********** ********** **       
DQA1*0107         ********** ********** ********** **       
DQA1*0201         ---------- ----L--R-- ---------- --       
DQA1*030101       ---------- ----L--R-- ---------- --       
DQA1*0302         ---------- ----L--R-- ---------- --       
DQA1*0303         ---------- ----L--R-- ---------- --       
DQA1*040101       ---------- -------R-- ---------- --       
DQA1*040102       ********** ********** ********** **       
DQA1*0402         ********** ********** ********** **       
DQA1*0403N                  
DQA1*0404         ********** ********** ********** **       
DQA1*050101       ---------- -------R-- ---------- --       
DQA1*050102       ********** ********** ********** **       
DQA1*0502         ********** ********** ********** **       
DQA1*0503         ---------- -------R-- ---------- --       
DQA1*0504         ********** ********** ********** **       
DQA1*0505         ---------- -------R-- ---------- --       
DQA1*060101       ---------- -------R-- ---------- --       
DQA1*060102       ********** ********** ********** **       
DQA1*0602         ********** ********** ********** **       