HLADB-2.6.0-Jul 2004
HLA-DQB1 Protein Sequence Alignments
Sequences Aligned: 09 Jul 2004
Steven G. E. Marsh, Anthony Nolan Research Institute.


Prot. Pos.                 -30        -20        -10        
                             |          |          |
DQB1*050101               MS WKKSLRIPGD LRVATVTLML AILSSSLAEG 
DQB1*050102               ** ********** ********** ********** 
DQB1*050201               ** ********** ********** ********** 
DQB1*050202               ** ********** ********** ********** 
DQB1*050301               ** ********** ********** ********** 
DQB1*050302               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0504                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*020101               -- ---A-----G --A------- SM--TPV--- 
DQB1*020102               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0202                 -- ---A-----G --A------- SM--TPV--- 
DQB1*0203                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*030101               ** ********** ********** ********** 
DQB1*030102               ** ********** ********** ********** 
DQB1*030201               -- ---A-----G ---------- -M--TPV--- 
DQB1*030202               ** ********** ********** ********** 
DQB1*030302               -- ---A-----G ---------- -M--TPV--- 
DQB1*030303               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0304                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*030501               ** ********** ********** ********** 
DQB1*030502               ** ********** ********** ********** 
DQB1*030503               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0306                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0307                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0308                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0309                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0310                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0311                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0312                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0313                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0401                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0402                 -- ---A-----G ---------- -M--TPV--- 
DQB1*060101               ** ********** ********** ********** 
DQB1*060102               ** ********** ********** ********** 
DQB1*060103               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0602                 -- ---A------ ---------- -M---L---- 
DQB1*0603                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*060401               ** ********** ********** ********** 
DQB1*060402               ** ********** ********** ********** 
DQB1*060501               ** ********** ********** ********** 
DQB1*060502               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0606                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0607                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0608                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0609                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0610                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*061101               ** ********** ********** ********** 
DQB1*061102               ** ********** ********** ********** 
DQB1*0612                 -- ---A------ ---------- -M---L---- 
DQB1*0613                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0614                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0615                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0616                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0617                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0618                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0619                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0620                 ** ********** ********** ********** 
DQB1*0621                 ** ********** ********** ********** 

Prot. Pos.                10         20         30         40         50         60         70         80         90        100 
                           |          |          |          |          |          |          |          |          |          |
DQB1*050101       RDSPEDFVYQ FKGLCYFTNG TERVRGVTRH IYNREEYVRF DSDVGVYRAV TPQGRPVAEY WNSQKEVLEG ARASVDRVCR HNYEVAYRGI LQRRVEPTVT 
DQB1*050102       ***------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---******* 
DQB1*050201       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------S--- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*050202       ********-- ---------- ---------- ---------- ---------- ------S--- ---------- ---------- ---------- ---******* 
DQB1*050301       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------D--- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*050302       ********** ********** ---------- ---------- ---------- ------D--- ---------* ********** ********** ********** 
DQB1*0504         ********-- ---------- ---------Y ---------- ---------- ------S--- -----DI--E D--------- --******** ********** 
DQB1*020101       ---------- ---M------ -----L-S-S ------I--- -----EF--- -LL-L-A--- -----DI--R K--A------ ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*020102       *****----- ---M------ -----L-S-S ------I--- -----EF--- -LL-L-A--- -----DI--R K--A------ ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0202         ---------- ---M------ -----L-S-S ------I--- -----EF--- -LL-L-A--- -----DI--R K--A------ ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*0203         *****----- ---M------ -----L-S-S ------I--- -----EF--- -LL-L-D--- -----DI--R K--A------ ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*030101       ---------- --AM------ -----Y---Y -------A-- ----E----- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*030102       ********-- --AM------ -----Y---Y -------A-- ----E----- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*030201       ---------- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*030202       *****----- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*030302       ---------- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*030303       *****----- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0304         ---------- --AM------ -----Y---Y -------A-- ----E----- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*030501       ****------ ---M------ ---------Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*030502       *****----- ---M------ ---------Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*030503       *****----- ---M------ ---------Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0306         *****----- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-D--- -----DI--E D-----T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0307         ****------ ---M------ -----L---Y -------A-- --------V- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0308         *****----- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------- T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0309         ---------- --AM------ -----Y---Y -------A-- ----E----- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*0310         ---------- --AM------ -----Y---Y -------A-- ---------- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*0311         *****----- ---------- -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-A--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0312         *****----- --AM------ -----L---Y -------A-- ---------- --L-P-D--- ---------R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0313         *****----- --AM------ -----Y---Y -------A-- ----E----- --L-P-D--- ------D--R T--EL-T--- ---QLEL-TT ----****** 
DQB1*0401         --------F- ---M------ --L------Y -------A-- ---------- --L--LD--- -----DI--E D-----T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*0402         --------F- ---M------ ---------Y -------A-- ---------- --L--LD--- -----DI--E D-----T--- ---QLEL-TT ---------- 
DQB1*060101       --P-----L- --AM------ -----Y---Y ------D--- ---------- ------D--- -----DI--R T--EL-T--- ------F--- ---------- 
DQB1*060102       ********** **AM------ -----Y---Y ------D--- ---------- ------D--- -----DI--R T--EL-T--- ********** ********** 
DQB1*060103       --P-----L- --AM------ -----Y---Y ------D--- ---------- ------D--- -----DI--R T--EL-T--- ------F--- ---------- 
DQB1*0602         --------F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ---------- 
DQB1*0603         ---------- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ---------- 
DQB1*060401       ---------- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T--- -----G---- ---------- 
DQB1*060402       **-------- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T--- -----G---- ---------- 
DQB1*060501       ---------- ---------- -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T--- -----G---- ---------- 
DQB1*060502       ********** ********** -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T*** ********** ********** 
DQB1*0606         ********** ********** -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------R T--A----** ********** ********** 
DQB1*0607         ********-- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ------D--- ---------R T--EL-T--- -----G---- ********** 
DQB1*0608         ********-- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ---------- ---------- T--EL-T--- ------F--- ********** 
DQB1*0609         ---------- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T--- -----G---- ---------- 
DQB1*0610         *****---F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------S--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ----****** 
DQB1*061101       ********-- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ---******* 
DQB1*061102       *****----- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ----****** 
DQB1*0612         ---------- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------- T--EL-T--- -----G---- ---------- 
DQB1*0613         ****----F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------- T--EL-T--- ------F--* ********** 
DQB1*0614         ********F- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ----****** 
DQB1*0615         *****---F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------D--- ---------R T--EL-T--- -----G---- ----****** 
DQB1*0616         *****---F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ------D--N ---------- T--EL-T--- ------F--- ----****** 
DQB1*0617         *****----- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ---------- ---------- ---EL-T--- -----G---- ----****** 
DQB1*0618         ********-- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- ---------- ---------R T--EL-T--- ------F--- ---******* 
DQB1*0619         *****---F- ---M------ -----L---Y -------A-- ---------- --L---D--- ---------- T--EL-T--- ------F--- ----****** 
DQB1*0620         ********F- ---------- -----L---Y -------A-- ---------- ------D--- ---------- T--EL-T--- ------F-** ********** 
DQB1*0621         *****----- ---M------ -----L---- -------A-- ---------- ---------- ---------- T--EL-T--- -----G---- ----****** 

Prot. Pos.               110        120        130        140        150        160        170        180        190        200 
                           |          |          |          |          |          |          |          |          |          |
DQB1*050101       ISPSRTEALN HHNLLICSVT DFYPSQIKVR WFRNDQEETA GVVSTPLIRN GDWTFQILVM LEMTPQRGDV YTCHVEHPSL QSPITVEWRA QSESAQSKML 
DQB1*050102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*050201       ---------- ---------- -----H---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*050202       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*050301       ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*050302       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0504         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*020101       ---------- -----V---- ----A----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*020102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0202         ---------- -----V---- ----A----- ----G----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*0203         **-------- -----V---- ----A----- ----G***** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*030101       ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ------H--- ---------- -N-------- ---------- 
DQB1*030102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*030201       ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ---------- ---------- -N--I----- ---------- 
DQB1*030202       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*030302       ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ---------- ---------- -N--I----- ---------- 
DQB1*030303       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0304         ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ------H--- ---------- -N-------- ---------* 
DQB1*030501       ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ---------- ---------- -N--I----- ---------* 
DQB1*030502       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*030503       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0306         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0307         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0308         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0309         ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ------HA.- ---------- -N-------- ---------- 
DQB1*0310         ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ------H--- ---------- -N-------- ---------- 
DQB1*0311         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0312         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0313         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0401         ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ---------- ---------- -N--I----- ---------- 
DQB1*0402         ---------- -----V---- ----A----- ---------T ---------- ---------- ---------- ---------- -N--I----- ---------- 
DQB1*060101       ---------- -----V---- ----G----- ---------- ---------- ---------- ------H--- ---------- ---------- ------N--- 
DQB1*060102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*060103       ---------- -----V---- ----G----- ---------- ---------- ---------- ------H--- ---------- ---------- ------N--- 
DQB1*0602         ---------- -----V---- ----G----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*0603         ---------- -----V---- ----G----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*060401       ---------- -----V---- ----G----Q ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*060402       --------** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*060501       --------** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*060502       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0606         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0607         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0608         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0609         ---------- -----V---- ----G----Q ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*0610         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*061101       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*061102       ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0612         ---------- -----V---- ----G----Q ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 
DQB1*0613         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0614         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0615         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0616         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0617         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0618         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0619         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0620         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 
DQB1*0621         ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** 

Prot. Pos.               210        220                 229
                           |          |                   |
DQB1*050101       SGVGGFVLGL IFLGLGLIIR QRSRKG ........ LLH      
DQB1*050102       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*050201       ---------- ---------- ------ ........ ---      
DQB1*050202       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*050301       ---------- ---------- ------ PQGPPPAG ---      
DQB1*050302       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0504         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*020101       --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*020102       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0202         --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*0203         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030101       --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*030102       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030201       --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*030202       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030302       --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*030303       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0304         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030501       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030502       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*030503       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0306         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0307         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0308         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0309         --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*0310         --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*0311         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0312         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0313         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0401         --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*0402         --I------- ---------H H--Q-- ........ ---      
DQB1*060101       --I------- ---------- ---Q-- PQGPPPAG ---      
DQB1*060102       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*060103       --I------- ---------- ---Q-* ******** ***      
DQB1*0602         ---------- ---------- ---Q-- ........ ---      
DQB1*0603         ---------- ---------- ---Q-- ........ ---      
DQB1*060401       ---------- ---------- ---Q-- ........ ---      
DQB1*060402       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*060501       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*060502       ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0606         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0607         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0608         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0609         ---------- ---------- ---Q-- ........ ---      
DQB1*0610         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*061101       ********** ********** ****** ******** ***      
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DQB1*0612         ---------- ---------- ---Q-- ........ ---      
DQB1*0613         ********** ********** ****** ******** ***      
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DQB1*0620         ********** ********** ****** ******** ***      
DQB1*0621         ********** ********** ****** ******** ***      